在进行原材料采购并通过运输服务将其运送到公司仓库时，企业支付的运费也需要按照的规定进行处理。假设支付的运输费用为109元，根据相关的税法，计算可抵扣的进项税额的公式为：
可抵扣进项税额 = 含税价格 ÷（1 + 税率）× 税率。
具体计算为：
109 ÷（1 + 9%）× 9% = 9元。
会计分录通常为：
借：原材料 100元
借：应交税费——应交（进项税额） 9元
贷：银行存款 109元
如果这些原材料在后续使用过程中发生了用途改变，或者由于其他原因导致非正常损失（比如损坏、丢失等），需要做进项税额的转出处理。假设原材料的账面价值为100元，那么进项税额转出的计算公式为：
进项税额转出 = 计入原材料的账面价值 × 税率。
具体为：
100 × 9% = 9元。
再举一个例子，如果公司从农业生产者那里购买了100元的原材料，并将其验收入库，此时的可抵扣进项税额的计算公式为：
可抵扣进项税额 = 购买价格 × 扣除率。
此时为：
100 × 9% = 9元。
会计分录为：
借：原材料 91元
借：应交税费——应交（进项税额） 9元
贷：银行存款 100元
若这些原材料由于某种原因（如管理不善或自然损耗等）发生了用途改变，需要进行进项税额的转出处理。针对农产品，进项税额的转出计算公式为：
进项税额转出 = 计入原材料的账面价值 ÷（1 - 扣除率） × 扣除率。
例如：
91 ÷（1 - 9%） × 9% = 9元。
在农产品的采购中，进项税额的抵扣需要根据农产品的具体用途来进行合理计算。进项税额与当期的实际采购业务无关，而是通过统一的公式直接得出，可以视为该农产品本月可以抵扣的总税额。具体的计算方法分为三种情况：
1. 购进农产品作为原料用于生产货物
在这种情况下，可通过以下三种方法计算进项税额：
1.1 投入产出法
计算公式为：
当期可抵扣的农产品进项税额 = 当期农产品耗用数量 × 农产品平均购买单价 × 扣除率 ÷（1 + 扣除率）。
其中，
当期农产品耗用数量 = 当期销售货物数量（不包括采购其他半成品的数量） × 农产品单耗数量。
1.2 成本法
计算公式为：
当期可抵扣的农产品进项税额 = 当期主营业务成本 × 农产品耗用率 × 扣除率 ÷（1 + 扣除率）。
其中，
农产品耗用率 = 上年投入生产的农产品外购金额 ÷ 上年生产成本。
1.3 参照法
对于新开办的人或新增产品的人，可以参照同行业内其他相似企业的农产品耗用数量或耗用率，按投入产出法或成本法计算当期可抵扣的农产品进项税额。
2. 购进农产品直接用于销售
在这种情况下，可抵扣的进项税额计算方法为：
当期可抵扣的农产品进项税额 = 当期销售的农产品数量 ÷（1 - 损耗率） × 农产品平均购买单价 × 税率 ÷（1 + 税率）。
其中，
损耗率 = 损耗数量 ÷ 购进数量 × 100%。
3. 购进农产品用于生产经营，但不构成实物货物（如包装物、辅助材料、低值易耗品等）
对于这种情况，进项税额的计算公式为：
当期可抵扣的农产品进项税额 = 当期农产品耗用数量 × 农产品平均购买单价 × 税率 ÷（1 + 税率）。
通过上述三种不同的计算方式，企业能够根据不同的实际情况计算出可以抵扣的农产品进项税额，并确保符合相关税法规定。