高新技术企业认定申请过程中，申请企业需要提供两种类型的审计报告：一是针对认定期年度的审计报告，二是专项审计报告。后者在高新技术企业认定中具有特殊的重要性，其作用在于确认注册会计师是否按照审计准则以及《工作指引》的要求，开展了专项审计工作，确保能够合理保证申报企业在研究开发费用结构和高新技术产品（服务）收入明细表中不存在重大错报。
需要明确的是，申请高新技术企业认定的审计与企业内部控制的目的有本质区别。注册会计师的职责是对申报企业所提供的申报材料进行和评价，并非对企业的所有内部控制措施进行全面审计或发表意见。
那么，高新技术企业认定所需的专项审计报告具体有哪些类型呢？根据审计意见的不同，专项审计报告主要分为四类：无保留意见的审计报告、保留意见的审计报告、否定意见的审计报告和无法表示意见的审计报告。在这些报告中，除无保留意见的审计报告外，其他三类报告（保留意见、否定意见、无法表示意见）统称为非无保留意见的审计报告。
进一步细分，无保留意见的审计报告还可以根据是否附加说明段、强调事项段或其他修饰性用语，分为标准专项审计报告和非标准专项审计报告。非标准专项审计报告则是指所有除标准专项审计报告外的审计报告类型，包括带有强调事项段的无保留意见报告和所有非无保留意见报告。