在填报部门（单位）整体支出绩效目标申报表时，涉及到的两大核心问题如下：
问题一：第三方编制与后续跟进
部门（单位）在填制申报表时，往往委托第三方机构进行编制。尽管第三方机构依据所提供的资料进行填写，但后续往往缺乏对填报内容的详尽了解和把握。
问题二：绩效目标填报的准确性与依据
绩效目标的设定和整体支出预算的审核、绩效评价均需严谨对待。而这个流程，原则上应由部门（单位）内部人员来完成。在此过程中，有几个关键点需要明确：
第一点：全面理解整体支出绩效目标
部门（单位）的整体支出绩效目标，是指基于确定的职责，利用所有部门预算资金，在一定的时间范围内预期达到的总体产出和效果。这里的“效果”一词，用“效益”来描述可能更为贴切。所有部门预算资金包括多种来源，如当年财政拨款、结转结余资金、事业收入等，既涵盖基本支出也涉及项目支出。基本支出如工资、补贴及商品服务费用等都有其特定的支出结构。
在考虑支出的多样性时，不必事无巨细。应当突出重点，例如针对基本支出梳理出人员费用和公用经费的绩效目标，针对项目支出则可梳理出一级项目及其金额的绩效目标。因为任务是计划的灵魂，目标是计划的总领。按照总领的内涵来设定绩效目标即可。
第二点：明确年度主要任务
每个城市和单位在年初都会设定工作目标和任务。部门（单位）在制定工作计划和实施方案时，会明确列出年度主要任务。这些任务通常是基于部门（单位）的主要职责和工作计划确定的，并会列出对应预算支出的金额。在绩效目标表中，无需再额外添加部门职能和战略目标的描述。
第三点：准确描述年度总体目标
年度总体目标应清晰描述部门（单位）利用所有预算资金在本年度预期达到的总体产出和效益。这并非简单地复制的工作方针或要求，而是要具体描述产出和效益。年度绩效指标通常包括产出指标、效益指标和满意度指标等一级指标，每个一级指标下又有若干二级、三级指标，并对应具体的指标值。这些指标值应尽可能细化、量化，可以量化的使用数值描述，不能量化的则用定性的方式描述。
在实践过程中，各种情况确实存在。但填报绩效目标时应注重实质内容，避免过度复杂化或简单化。参照“项目支出绩效目标申报表”的相关要求进行填报，将更有助于达到绩效管理的目的。