实现闲置农房的活化固然能为各方带来众多潜在好处，对于农民来说，这一过程亦存在诸多不利因素及挑战。下面罗列的是主要的不利影响：
经济层面的挑战
- 高昂的改造成本：对闲置农房进行改造和提升往往需要投入大量资金，包括装修、设施更新等。这给经济条件有限的农民带来不小的经济压力。
- 投资风险：农民在改造和运营闲置农房时，面临市场需求的不确定性。若经营不善，可能导致投资损失，进一步加重经济负担。
管理与运营的困扰
- 管理经验不足：许多农民缺乏管理和运营相关经验，这可能导致他们在经营闲置农房时感到无所适从，进而造成资源浪费和效益低下。
- 时间和精力投入：经营闲置农房需投入大量时间和精力，这可能对农民的农业生产和其他日常生活产生影响，改变他们的生活节奏。
市场竞争与社会关系问题
- 市场竞争激烈：随着乡村旅游和民宿市场的兴起，闲置农房的经营者面临激烈的市场竞争。这可能使农民在众多竞争者中难以脱颖而出，影响其收益。
- 价格战风险：为吸引顾客，农民可能不得不降低价格，这可能导致利润空间缩小，甚至出现亏损。
- 邻里关系紧张：农房的经营可能引起周围居民的利益冲突，如噪音、交通等问题，这些均可能引发邻里间的矛盾。
环境与社会文化问题
- 环境负担：若农房的经营不当，可能导致环境污染和资源浪费，如垃圾处理不当、过度开发等，这对周边生态环境造成不良影响。
- 文化冲突：外来游客的涌入可能改变原有的社区文化和生活方式，从而产生农民与游客之间的文化冲突和不适应。
- 基础设施压力：游客的增加可能对农村的基础设施带来压力，如交通、供水、排污等，若基础设施不足，可能影响农民的生活质量。
与行政障碍
- 不明确：部分地区关于闲置农房的利用不够明确，这可能使农民在经营过程中面临法律风险和限制。
- 审批程序繁琐：一些地方的审批程序较为复杂，这可能为农民在改造和经营过程中增添不必要的行政障碍。