一、技术侧重点的差异
对于专精特新企业而言，其技术具有独特性和专业性，专注于特定领域，对特定技术进行深入研发和应用。这要求技术水平和专业技能都达到较高水平，体现了技术的特殊性和深度。而高新技术企业则更加强调技术的创新性和应用性，它们的技术往往在各个领域中得到广泛的应用和普及。
二、申请成立年限的差异
专精特新企业的申报条件较为严格，通常要求企业成立满两年以上方可申请。而高新技术企业的申请门槛相对较低，成立满一年即可进行申报。
三、知识产权布局的差异
专精特新企业在知识产权布局上，仅需拥有五项以上的二类知识产权或一项发明专利。相比之下，高新技术企业对于知识产权的要求更为严格，可以是（一）需要一项发明专利和五项以上的其他类知识产权，也可以是（二）需要拥有十五项以上的二类知识产权。这样的数量要求是根据高新技术企业的认定条件以及企业创新能力评价标准来制定的。
四、战略布局的差异
专精特新企业以专注为宗旨，致力于研究特定领域的技术，力求做专、做精。而高新技术企业的业务范围则较为广泛，涉及电子与信息技术、生物工程和新医技术等多个领域的高新技术及其产品的研究开发、生产和技术服务。
无论是专精特新企业还是高新技术企业，它们都在各自的领域内发挥着重要的作用，推动着科技进步和社会发展。