阿米巴的报酬机制涵盖了薪资、奖金、股权激励以及福利等多个方面。
一、薪资体系
薪资部分包括基础工资的晋升以及额外的奖金。奖金的设计方式灵活多样，通常是根据阿米巴经营模式的导入、运营实施后，与之前的业绩进行对比，从而设计出合理的奖励体系。
二、股权激励策略
对于表现出色的巴长及巴成员，公司会根据实际情况，采取期薪或股权的方式进行激励。这一策略的成功关键在于股权激励方案的设计以及方案的完善与实施。作者根据丰富的股权激励项目咨询经验，总结出了“股权激励的九维模型”，有效解决了“如何设计及完善股权激励方案”的问题。
所谓九维模型，即结合不同类型、不同发展阶段企业的特性，以及需求独创的股权激励设计和实施控制模型。针对各企业的现状与发展前景，提供“量身定制”的股权激励方案与确保实施效果的策略。
三、奖金机制
阿米巴奖金与员工的工作表现紧密相连。奖金的发放是根据员工季度工作的责任、工作绩效以及主要完成的项目情况来决定的，同时还会考虑总薪酬的状况。在阿米巴哲学中，倡导利他精神，奖金的发放先满足巴员的奖励需求，然后再考虑巴长及巴单元中的管理人员的奖励。
阿米巴奖金设计的特点如下：
哲学基础是利他共赢。
奖金的分配在公司与本阿米巴之间进行。
奖金是针对阿米巴单元而非个人进行分配。
阿米巴奖金体系分为不同的层次。
一是任务完成奖金，具体如表11-1所示。
二是超额奖金，如表11-2所示。在奖金设计上，有自上而下和自下而上两种设计方法。
四、员工福利
福利的发放采用巴分制度。公司会各种活动，参与的人员通过活动积累巴分，根据积分的多少可以兑换相应的福利，如旅游、礼品、培训等。这种福利制度既能够激励员工，又能增强团队的凝聚力。