阿米巴经营，作为一种管理模式，更是一种全面的经营哲学与策略实施的方法论，而非单纯的管理工具。它和精益生产、绩效考核、股权分配等在本质上有显著差异。它涵盖了经营理念、战略布局以及年度经营计划的细化执行。从公司层级的宏大规划到基层作业的细节执行，再到横向职能部门的战略协同，阿米巴经营构建了一个全方位的经营框架。这其中既包含了长远的战略规划，也有中期和短期的工作计划。
阿米巴经营不仅注重实用方法和工具的推广，更强调经营哲学的核心地位。在企业的运营中，底层逻辑、思想层面和经营哲学的价值无法估量。思想引导行为，行为决定行动，而行动的成果则是思维模式的直接体现。思维模式是企业发展的根本，是推动企业走向强大的原动力。
除了构建以经营哲学为核心的思想体系外，阿米巴经营的另一大支柱是经营管理会计。这个被称为“实学”的核算工具备受重视。通过《单位时间核算表》这一经营管理会计报表，每个阿米巴单位的经营成本被详尽列出。这使得阿米巴长能够清晰了解本部门当月的盈亏细节，从而针对亏损原因制定改善措施。这种PDCA循环不仅帮助企业持续改进，还确保了每个月的阿米巴经营总结会议的有效进行。
《单位时间核算表》与《经营管理会计报表》虽同为报表工具，但二者有着本质的区别。《单位时间核算表》更为详细、深入，更贴近管理的本质，更符合稻盛和夫先生设计经营报表的初衷。相比之下，《经营管理会计报表》则较为粗略，在细节上难以满足管理需求，容易使管理人员忽视问题的细节，不利于精准改善。成功实施阿米巴经营的企业大多选择采用《单位时间核算表》。稻盛和夫先生的京瓷与KDDI两家企业也正是通过这一报表进行业绩的核算与评估。
在阿米巴经营模式下，业绩每月公布并排名，年底进行总评。企业建立了一套完整、科学的经营机制。阿米巴长的晋升、加薪、分红、股票期权等均与阿米巴年度经营业绩紧密相连。对于表现不佳的阿米巴长，这种机制将促使其不断进步或进行适当调整。
需要明确的是，阿米巴经营的目的是为了分析和解决问题，而非仅仅为了考核。经营管理会计报表只是阿米巴导入过程中的一种业绩衡量方法。它的目的是为了培养具有经营者意识的人才，实现全员参与的经营模式。阿米巴核算表只是这种人才培养方式的一种工具，其最终目的是为了达成培养人才的目标。