在科创板与现有主板、中小板及创业板之间，存在诸多差异，这主要体现在上市要求、审核权力、定价机制、交易机制、持续监管等多个层面。
一、包容性更强的发行上市条件
相较主板、中小板及创业板只重视财务指标的发行上市标准，科创板提供了更为全面的审核视角。科创板不仅参考财务指标，如市值、营收、经营活动现金流等，还着重于研发投入和产品技术优势等综合因素。这意味着，即使企业尚未盈利或存在累计未弥补亏损，只要其核心产品具有明显技术优势，便可在科创板发行上市。
二、审核权力转移至上交所
与主板、中小板及创业板不同，科创板采用了注册制。这代表着上交所将负责发行上市的审核工作，而则负责作出准予注册的决定。这一改变为市场注入了更大的灵活性和效率。
三、市场化定价机制
相较于其他板块的直接定价方式，科创板全面采用了市场化询价的定价方式。除了保留原有的网上+网下配售机制外，科创板还扩大了网下配售对象范围，引入了私募参与网下询价配售。科创板还实施了保荐机构跟投机制、鼓励高管参与战略配售以及引入绿鞋机制等措施，确保定价更加准确和市场化。
四、交易机制更趋灵活且价格波动加大
在交易机制方面，科创板进行了大胆创新。除了与创业板相同的50万资金门槛外，科创板的涨跌幅限制放宽至20%，且新股上市首日无特定的价格限制。还新增了盘后固定价格交易等特色交易方式。这些改变使得科创板股票的价格波动相较其他板块更大。
五、持续监管更为严格
在持续监管方面，科创板的要求明显高于主板、中小板及创业板。这意味着科创板企业更容易触发退市。退市条件与其它板块相似，但科创板的退市流程有所不同，如取消了暂停上市和恢复上市环节，并设置了更为严格的退市时间限制。这些改变均体现了科创板对持续监管的重视程度。
六、允许分拆上市
科创板为达到一定规模的上市公司提供了一种新的可能——分拆成业务独立、符合条件的子公司上市。这一在其他板块尚不被允许，为科创板企业提供了更多的发展机会。