针对您企业融资租入船舶的会计处理，按照会计准则，您已正确进行了固定资产和未确认融资费用的会计分录。在税务审计过程中，税务部门提出了调整的要求。这主要是由于会计处理与税法规定之间可能存在的差异。
根据《企业所得税法实施条例》的相关规定，对于以融资租赁方式获得的固定资产，其计税基础与会计上的入账价值可能并不一致。计税基础是以租赁合同约定的付款总额及承租方在签订合同时发生的相关费用为基础来确定的。若合同未明确付款总额，则会以该资产的公允价值及相关费用作为计税基础。
具体到您的情况，税法规定融资租入固定资产的折旧计提和未确认融资费用的处理需进行调整。未确认的融资费用，虽然在会计上未直接计入资产成本，但实际上已经包含在计税基础中。这部分费用应按照折旧的方式，在固定资产的使用期限内分期扣除。
这意味着，您需要在申报时，对这部分费用进行相应调整，增加折旧额，而不能在“财务费用”中直接进行税前扣除。至于具体的调整反映在报表中，汇算清缴时，您需要在附表九中计算折旧，并将其填写在附表三的第43行。而对于未确认融资费用的财务处理调整，则可以在附表三的其他调整项目中反映。
尽管会计处理与税法规定存在差异，但这是正常且合法的财务操作。只要按照税法规定进行正确的调整，并准确反映在相关报表中，就能够确保您的企业财务操作的合规性。