在科研的道路上，当你成功获得一颗新基因，并渴望探索与之互动的蛋白时，你可能会考虑哪些策略来揭示这一奥秘呢？过去，酵母筛库或许是你的首选，但若遇到诱饵基因的自激活现象，这一方法便无法施展。别急，让我们由伯小远引导你，揭示一种更为传统且有效的研究蛋白与蛋白相互作用的方法——IP-MS。
一、IP-MS的概述
IP-MS，即免疫沉淀-质谱联用技术，凭借其在蛋白质组学领域的突破，逐渐显现出其强大的功能。此技术不仅能确认已知蛋白间的相互作用，还能精准鉴别与目标蛋白相互作用的未知蛋白，尤其在不受自激活影响的情况下，它已经成为研究蛋白与蛋白相互作用的主流策略。
二、IP-MS的工作原理
此技术以细胞内源性靶蛋白为出发点，通过靶蛋白抗体与细胞总蛋白的结合，促进免疫复合物的形成。再引入预先与琼脂小珠或磁珠结合的protein-A/G（可与抗体结合），从而形成“结合蛋白-靶蛋白-靶蛋白抗体-protein A/G小珠”的复合结构。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）分离蛋白，再结合液相色谱-质谱联用技术，对酶解后的肽段进行精确的质谱分析，从而揭示与目标蛋白相互作用的伙伴。
三、实验材料与流程
本公司提供的IP-MS实验材料涵盖了动物材料与植物材料，具体信息如图所示。图示中详细描绘了实验材料及清晰的实验流程。
四、数据的深度解析
Data dependent acquisition模式的运用，让我们能够收集到质谱原始数据。接着，我们利用MaxQuant软件对这些数据进行深度分析，匹配蛋白数据库，得到蛋白质的定性及定量信息。在此过程中，我们对数据质量的评估涉及多个方面，如质量偏差、酶切效率、常见污染物及缺失数据等。
五、结果呈现
对于质谱分析得到的数据，我们团队将进行基础的数据处理，包括蛋白定量数据、定量数据的相关性分析、差异蛋白的筛选、PCA分析和聚类分析等。最终向客户呈现的数据如表所示，客户可根据这些数据进一步分析诱饵蛋白的互动伙伴。
表 IP-MS结果展示（部分数据）
六、IP-MS的独特优势
（1）检测到的蛋白质处于翻译后修饰的天然状态；
（2）蛋白质间的相互作用在自然状态下进行，减少了人为因素的影响；
（3）能够分离出天然状态的蛋白复合物；
（4）无需担心诱饵蛋白的自激活作用，确保了实验的准确性。
七、为何选择我们公司的IP-MS服务
（1）我们拥有丰富的经验，能够提供可靠的数据；
（2）对于发现的互作蛋白，我们提供多种点对点验证方法的联合验证服务，确保结果的准确性。