（一）缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本（股权原值）的确定方法
在工商注册公司过程中，当缴足注册资本的原始股东发生股权转让时，其股权转让的投资成本确定方法如下：
如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本，那么该股东发生股权转让时，其股权转让所得的投资成本（股权原值）即为其按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本。具体确定方法如下：
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》的相关规定，股权原值按照以下方法确认。以现金方式出资取得的股权，其股权原值应为其实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和。这意味着，股东以现金实际缴纳的注册资本金额，加上与此直接相关的税费，构成了计算股权转让所得时的原始投资成本。
（二）直系亲属三代之间无偿让渡股权的股权原值确定方法
根据相关税务规定，直系亲属三代之间无偿让渡股权时，若能提供具有法律效力的身份关系证明，则视为有正当理由。股权原值的确定需考虑取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和。也就是说，直系亲属间无偿转让的股权，其原值以双方交接过程中的合理费用及原股东的原始投资额来共同确认。
（三）通过股权转让方式获得股权的再次转让时的投资成本确定方法
当通过股权转让获得股权后再次进行转让时，若主管税务已核定股权转让收入并依法征收了个人所得税，则受让人的股权原值需以取得股权时发生的合理税费与被主管核定的股权转让收入之和来确认。这意味着，受让人在再次转让时需将其取得时的费用及税务核定的转让价格纳入考虑，以计算其转让的原始成本。
对于多次投资并多次转让的情况，如张先生在M公司的多次投资及之后的股份转让，应采用“加权平均法”来确定每次转让的股权原值。这种方法将多次投资的金额与所持股份比例相结合，以确定每次交易中转让部分的股权原值。
（四）注册资本实缴制改为认缴制后的股权原值确定
在注册资本由实缴制改为认缴制后，当股东转让股权时，其计税基础应依据实际缴纳的注册资本来确定。即使注册资本尚未完全缴纳，但若在股权转让合同生效前已缴足的部分，其计税基础应包括这部分已缴足的注册资本。而对于未缴足的部分，若在接受股权后继续补足，则该部分不计入股权转让价格及计税基础。