简介
分子对接计算是一种模拟配体小分子与受体生物大分子相互作用的技术方法。通过几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则，评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间的最佳结合模式。这一技术的最初思想源于Fisher E.的“钥匙和锁模型”。目前，被广泛应用的开源免费分子对接软件包括AutoDock、SLIDE、DOCK以及AutoDock Vina等。其中，AutoDock Vina大大提高了对接的准确性，并可通过利用系统上的多个CPU或CPU内核来显著缩短运行时间。UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析，也可以借助它来调用AutoDock Vina进行分子对接，并可视化对接结果。
软件下载
UCSF Chimera和AutoDock Vina均为免费软件，可根据电脑系统选择下载。
操作演示
以丝氨酸/苏氨酸激酶Akt为例，为大家介绍在Chimera中使用AutoDock Vina进行分子对接的详细步骤。受体预处理包括从蛋白数据库检索并下载目标蛋白质的结构文件，然后在Chimera中打开该文件。通过一系列操作确定活性位点、优化蛋白、准备配体等步骤后，进行分子对接。对接结果可以通过ViewDock对话框查看，包括对接打分、RMSD值的范围等。之后还会分享更多的UCSF Chimera使用教程。
本期内容为大家分享了使用UCSF Chimera软件调用AutoDock Vina进行分子对接的详细步骤。通过直观易用的图形界面，研究人员可以更加便捷地进行分子对接计算，找到配体与受体的最佳结合模式。